El convento, construido en 1580 sobre la antigua Ermita de San Sebastián, fue habitado por la Orden de la Merced. En el siglo XIX, debido a las desamortizaciones, se vieron obligados a abandonarlo. La iglesia, por su parte, data del siglo XVIII.
Del antiguo convento se conserva el claustro, compuesto por dos niveles de arcos de medio punto.
Durante la Guerra Civil, el convento fue asaltado por milicianos y transformado en un refugio para los afectados por el conflicto. En 1970, la Iglesia recibió el nombre de Parroquia de Nuestra Señora de la Merced.