Fue establecido en el siglo XVI y completado un siglo más tarde, por iniciativa del obispo auxiliar de Toledo, don Melchor de Soria y Vera, oriundo de Jaén. Es, sin duda, el monasterio más destacado en términos artísticos de toda la ciudad. Sus fachadas y patio conventual son especialmente notables.
Actualmente, el monasterio es habitado por una comunidad de Religiosas Franciscanas Descalzas que siguen una vida de clausura.